NTFS (new technology file system) berbeda dengan FAT (file allocation table). perbedaanya terletak pada kestabilan dan penanganan hardisk. FAT ada banyak mulai dari FAT, FAT 2, FAT 4, FAT 16, FAT 32 angka dibelakang FAT hanya menggambarkan berapa bit memory dapat dialokasikan. FAT mengatur file bedasarkan table allocasi memory yang telah ada cenderung error jika terjadi kerusakan maka data jarang bisa terselamatkan, namun ada beberapa program yang memang harus menggunakan FAT sehingga harus diinstall di harddisk bertipe FAT. sedang NTFS memiliki kestabilan lebih, cepat dalam pencarian data karena mendukung native command quotions, yang akan meprioritaskan jalur tercepat saat metranfer data.
jika terjadi kerusakan NTFS mendukung H.D smart sehingga sangat mudah untuk dikembalikan (tingkat keberhasilan 90%). untuk windows xp jika tidak ada program yang membutuhkan FAT sebaiknya pilih NTSF, sedang untuk menyimpan data di partisi lain, saya sarankan NTFS.
Sumber : http://id.answers.yahoo.com